Marcos Vizolli será o responsável pela transição dos jogadores da base para o elenco profissional. Além dele, a comissão conta com os auxiliares Marcio Araújo e Eduardo Zuma, que chegaram ao clube com o técnico Fernando Diniz.
Uma reformulação em diversas áreas do CT da Barra Funda era cobrada por conselheiros e torcedores, principalmente pelo número de lesões musculares de jogadores. Os próprios dirigentes também chegaram a admitir a necessidade de realizar mudanças.
Logo após o fim do Campeonato Brasileiro, a diretoria demitiu quatro profissionais da comissão: os preparadores físicos Wellington Valquer e Henrique Martins, fisiologista Marco Aurélio Melo e o coordenador científico Altamiro Bottino. O clube contratou o fisiologista Luís Fernando de Barros, que trabalhou no Santos por 10 anos.
Além das mudanças na comissão técnica, em 2020 o São Paulo terá o superintendente de relações institucionais Diego Lugano mais presente no dia a dia do futebol do clube. O setor é liderado por Raí, que renovou contrato até o final do ano que vem, e ainda conta com o gerente Alexandre Pássaro e com o diretor adjunto Fernando Chapecó.