Contratado a pedido de Rogério Ceni, Cícero chegou ao São Paulo como um dos principais reforços para a temporada. Tinha a confiança do treinador e chegou a se destacar no início do ano. Exibindo pouca movimentação em campo, perdeu a posição de titular no time ainda sob o comando de Ceni, após a derrota para o Atlético-PR por 1 a 0, em junho.
Antes disso, em maio, se envolveu em uma questão polêmica, quando admitiu ter sido atingido involuntariamente por um objeto chutado pelo técnico no vestiário do Morumbi, durante as semifinais do Paulistão.
Na ocasião, Cícero se mostrou revoltado com o vazamento de informações internas no grupo e, desde então, passou a ficar fora dos planos da equipe e não chegou a jogar com Dorival Junior.
Após saber que não estava mais nos planos do time, o atleta lamentou que seu afastamento do São Paulo tenha coincidido com um momento difícil para a equipe no Campeonato Brasileiro. "A fase que o São Paulo se encontra dentro e fora de campo não é boa, e como normalmente acontece no futebol, quiseram achar um culpado por toda a situação.".