O colombiano contratado no início de 2017 conviveu por muito tempo com a cobrança de que deveria ser tão efetivo no Palmeiras quanto havia sido em 2016. Naquela temporada, ele passou o primeiro semestre no modesto Cortuluá e, depois, na metade do ano, reforçou o Atlético Nacional. Pelo time de Medellín, curiosamente, foram 27 jogos e 17 gols, números idênticos aos alcançados no clube paulista.
Borja chegou ao Atlético Nacional em julho, estreou na semifinal da Copa Libertadores, contra o São Paulo, e se despediu do clube após um semestre como campeão da Libertadores e da Copa Colômbia. As atuações fizeram o atacante ser disputado por várias equipes no fim de 2016 e ganhar o título de Rei da América, prêmio ofertado pelo jornal uruguaio El País.
Em 2017, porém, Borja não rendeu o esperado no Palmeiras e chegou a ser reserva de Deyverson. O atacante aos poucos evoluiu e neste ano se tornou titular absoluto, disputou a Copa do Mundo pela Colômbia, é o artilheiro da equipe na temporada e recuperou os índices de rendimento do segundo semestre de 2016, o período que alavancou sua carreira.
Na Libertadores de 2018, o retrospecto do colombiano é tão impressionante quanto na campanha de 2016. Pelo Atlético Nacional, foram cinco gols em quatro partidas na caminhada rumo ao título.
Borja pode na quinta-feira se tornar o artilheiro da atual edição da Libertadores. Com oito gols, ele tem um a menos do que o compatriota Wilson Morelo, do Independiente Santa Fé. A equipe colombiana já está eliminada da competição..