Revelado pelo Mirassol-SP, Rafael Santos chegou ao Cruzeiro ainda nas categorias de base. Ele teve parte dos direitos econômicos adquirido pela Raposa em 2019.
Antes de se firmar no clube celeste, foi emprestado a três equipes: Chapecoense, Inter de Limeira-SP e Ponte Preta.
Com a camisa da Macaca, no ano passado, Rafael se destacou ao atuar em 26 partidas pela Série B do Campeonato Brasileiro - foram três gols e quatro assistências no total.
Mais experiente, o lateral voltou ao Cruzeiro e assumiu a titularidade. Neste temporada, ele disputou 14 jogos e é um dos atletas mais utilizados pelo técnico Paulo Pezzolano.