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Em 2015, ele fez ótimo returno no Brasileiro, em que o time foi comandado por Mano Menezes. Nas 15 partidas com o treinador gaúcho, o então camisa 25 anotou 11 gols.
Já no ano de 2016, o Bigode passou a vestir a número 9, mas não correspondeu às expectativas em se tornar artilheiro da equipe e fez apenas sete gols em 48 partidas.
Desde julho de 2013, quando chegou ao Cruzeiro, Willian participou de 185 jogos e marcou 40 gols.
O Cruzeiro também utilizou as redes sociais para agradecer e se despedir do "Bigode".