Henzel faleceu na noite de terça ao sofrer um mal súbito enquanto jogava futebol com os amigos. Ele chegou a ser encaminhado ao hospital, mas não resistiu e faleceu aos 45 anos. O jornalista foi um dos seis sobreviventes da tragédia aérea da Chapecoense, que causou a morte de 71 pessoas, no fim de novembro de 2016.
A morte repentina do jornalista e radialista surpreendeu a todos. Alan Ruschel, jogador da Chapecoense que também sobreviveu à tragédia, lamentou a perda. "Às vezes, parece que o destino brinca com a gente. A sensação que eu tinha, sobre nós, sobreviventes de uma tragédia tão grande, era de que, com a oportunidade cedida por Deus, tínhamos começado a nossa vida do zero. Como se fôssemos crianças tendo uma vida inteira pela frente", afirmou o atleta, que voltou aos gramados e integra normalmente o elenco da Chapecoense.
Diversas entidades e associações manifestaram condolências pela morte do jornalista. A Chapecoense destacou seu o trabalho como um "narrador excepcional" dos jogos do time. Clubes como Corinthians, São Paulo, Grêmio, Vasco, Santos, Sport clube Recife, Cruzeiro, America, Ponte Preta, Palmeiras e Paraná também destacaram a carreira do jornalista e seu exemplo de vida.
O governador do Estado de Santa Catarina, Carlos Moisés da Silva emitiu nota de pesar lamentando a morte do jornalista e destacando seu exemplo de amor à profissão.
Após o velório, o corpo do jornalista seguiu para o sepultamento em cortejo fúnebre realizado pelo caminhão do Corpo de Bombeiros até o cemitério.
Segundo a assessoria da Chapecoense, diversas homenagens foram preparadas para homenagear Henzel antes do início do jogo contra o Criciúma, na noite desta quarta, na Arena Condá, no jogo de ida da terceira fase da Copa do Brasil. Na abertura do jogo, os dois times devem entrar segurando balões brancos. A tradicional musica de abertura nos jogos será subsistida pelo silêncio.
Fotos do jornalista, que era apaixonado pelo time catarinense, serão exibidas em um telão e, no intervalo do jogo, um vídeo em homenagem a Henzel deve ser exibido. As crianças que acompanham os jogadores estarão vestidas de branco e os atletas devem jogar com uma fita que representa luto no pulso. Rafael Henzel era casado e deixou um filho.