O meia de 22 anos destacou-se pelo Botev Plovdiv, da Bulgária. Na primeira temporada, em 2020/21, atuou em 11 jogos e marcou um gol. Na segunda, em 2021/22, participou de 18 confrontos, com seis bolas nas redes e uma assistência, de acordo com o site Ogol.
O jogador foi emprestado pelo Atlético ao Botev Plovdiv até o fim de julho de 2022. Antes do empréstimo, Marquinhos renovou o contrato com o Atlético até o fim de 2024.
Revelação da base do Atlético, Marquinhos ganhou espaço no time principal do Atlético em 2019 com o técnico Vagner Mancini. Na reta final do Campeonato Brasileiro daquele ano, fez um gol e duas assistências.
Em 2020, Marquinhos viveu altos e baixos. Sob comando do técnico Jorge Sampaoli, alternou momentos no time titular e no banco de reservas. Depois, perdeu espaço com o treinador argentino. A última partida dele pelo Galo foi em 22 de novembro, no empate com o Ceará, por 2 a 2, pela 22ª rodada do Brasileirão.
Estou Muito feliz pela minha estreia com camisa do Botev %uD83D%uDC9B%uD83D%uDDA4
- Marquinhos costa (@MarquimCosta10) March 3, 2021
Feliz pelo Gol, Que seja o primeiro de muitos %uD83D%uDE4F%uD83C%uDFFE%uD83D%uDE4C pic.twitter.com/5TXnZAOizX