Alonso é indicação do técnico Jorge Sampaoli, que recebeu informações positivas do atleta, cujo trabalho foi bem avaliado até por Marcelo Bielsa.
Mentor de Sampaoli, Bielsa conviveu com Junior Alonso no Lille na temporada 2017/18. 'El Loco', como é conhecido o genial e genioso treinador argentino, tinha confiança no zagueiro paraguaio. Na estreia de Bielsa no comando do Lille, Junior Alonso anotou um gol na vitória sobre o Nantes por 3 a 0, no dia 6 de agosto de 2017.
Foi uma das poucas vitórias de Bielsa no comando do Lille. Ele foi afastado do clube em novembro daquele ano, com sete derrotas, três vitórias e quatro empates. Apesar da saída do argentino, Alonso continuou como titular do time.
Quando perguntado, Bielsa sempre elogia a liderança, a imposição física e a técnica do jogador paraguaio. Sampaoli se inspira no treinador de Rosário, com quem mantém amizade e troca informações.
Junior Alonso também tem palavras positivas ao se referir ao técnico argentino."Bielsa foi o melhor treinador que já tive em minha vida", disse Alonso, em março deste ano.
Saída do Boca Juniors
Embora o Boca Juniors esteja em difícil situação financeira, o clube tentaria negociar com o Lille a contratação de Alonso, que era titular absoluto do técnico Miguel Ángel Russo. Polivalente, ele joga de zagueiro e de lateral-esquerdo.
A reportagem apurou que Riquelme, vice do Boca e responsável pelo futebol do clube, chegou a conversar com o jogador paraguaio na tentativa de convencê-lo a permanecer em Buenos Aires. Contudo, não houve acordo.
Em entrevista no início de junho, o diretor técnico do Boca Juniors, Jorge Bermúdez, explicou a saída de Alonso.
"O Conselho do Futebol está muito satisfeito com a resposta desportiva, mas existem situações e problemas pessoais que ele manifestou para não continuar. E nós respeitamos. Primeiro, está a pessoa, o ser humano. Parecem que os problemas pessoais o afastaram do Boca Juniors, embora o vice-presidente [Riquelme] tenha se colocado à disposição para ajudá-lo".