Na segunda fase, os confrontos também são decididos em jogo único, mas sem a vantagem do empate para a equipe visitante. Igualdade nos 90 minutos leva a decisão para os pênaltis. O mando de campo já havia sido definido previamente em sorteio da Confederação Brasileira de Futebol (CBF).
O Atlético garantiu vaga na segunda fase da Copa do Brasil ao empatar por 0 a 0 com o Campinense. O jogo foi disputado no Estádio Amigão, em Campina Grande, interior da Paraíba.
Segundo regulamento, o time visitante joga pelo empate no jogo único da primeira fase da Copa do Brasil. Por isso, o Atlético se classificou.