Rui Costa começou no futebol como advogado do Grêmio na gestão Fábio Koff. Em novembro de 2012, aceitou o convite para atuar como diretor executivo do clube. Ele permaneceu no Tricolor até maio de 2016. Apesar do longo período, não conquistou nenhum título no Grêmio.
Em mais de três anos à frente do futebol do Tricolor, Rui Costa colecionou 11 eliminações. Chegou mais perto do título em 2013, quando o time gaúcho foi vice-campeão do Brasileiro, perdendo o caneco para o Cruzeiro.
A trajetória de Costa à frente do Grêmio foi encerrada em 2016, depois da eliminação do clube gaúcho na Copa Libertadores para o Rosario Central, com goleada por 3 a 0 na Argentina.
Depois do Tricolor, Rui Costa assumiu o futebol da Chapecoense, em dezembro de 2016. O trabalho era hercúleo, uma vez que o clube catarinense estava vivendo dias de luto, com a queda do avião que levava a delegação para a Colômbia, onde jogaria a final da Copa Sul-Americana, em novembro de 2016.
Costa foi responsável pela remontagem do time de futebol da Chapecoense. E os resultados foram interessantes: o Verdão foi campeão estadual em 2017 e fez a melhor campanha da equipe no Brasileiro, com vaga na Libertadores de 2018. Foi demitido do clube em julho de 2018 por causa da campanha ruim da Chape na Série A.
Em sua última experiência, Rui Costa assumiu o comando do futebol do Athletico-PR, em agosto de 2018. Ajudou na gestão do futebol na reta final da Copa Sul-Americana, vencida pelo clube parananense. Deixou a equipe em janeiro deste ano.
Crise no futebol
O Atlético vive uma crise no futebol. Apesar de ter liderado a fase inicial do Campeonato Mineiro, o Galo não convence na temporada. Na Copa Libertadores, a campanha é ruim. O clube alvinegro está em terceiro do Grupo E, com três pontos em quatro jogos. O risco de eliminação ainda na fase de grupos é grande, já que o Cerro Porteño está classificado, com 12 pontos, e o Nacional se aproximou da vaga ao fazer 9 pontos (clique aqui e confira a tabela). Por causa desse momento de instabilidade, o treinador Levir Culpi foi demitido pelo clube.