A trajetória de Bebeto de Freitas no Atlético começou em 1999, na gestão do presidente Nélio Brant. Bebeto trabalhou em parceria com o então presidente do Conselho Deliberativo, Alexandre Kalil, até 2001, no cargo de diretor executivo. Em 1999, o dirigente foi campeão mineiro e vice-campeão brasileiro. Ainda naquele ano, ele coordenou o projeto do futsal do clube. A equipe conquistou a Liga Nacional de Futsal com um clássico time formado por jogadores como Falcão, Manoel Tobias, Vander Carioca e Índio. Em 2001, saiu do Galo para ser gestor no Botafogo.
Em 2009, na sua segunda passagem pelo Atlético, Bebeto voltou a trabalhar com o então presidente Alexandre Kalil, desta vez como diretor de futebol. Bebeto de Freitas se desligou da dirigência do Galo em agosto daquele ano, alegando problemas particulares.
Em dezembro de 2017, após a nomeação de Sérgio Sette Câmara como presidente do Atlético, ele retornou para o Galo a pedido de Alexandre Kalil, atual prefeito de Belo Horizonte e conselheiro do clube.
. Bebeto de Freitas sofreu uma parada cardíaca na parte interna da Cidade do Galo, enquanto acontecia uma confraternização com os jogadores do Galo Futebol Americano, minutos depois da apresentação do projeto, no início da tarde desta terça-feira. Ele foi atendido rapidamente por vários médicos do clube, que estavam no CT. Um desfibrilador foi utilizado, mas ele não resistiu e acabou falecendo.
O Atlético decretou luto oficial de três dias.