Rafael Cruz ainda tem contrato com o Galo até o final de 2012, mas desde que chegou ao clube não conseguiu se firmar como titular e, nas oportunidades que atuou diante da torcida alvinegra, quase sempre saiu de campo vaiado. Curiosamente, o atleta está sendo liberado no momento em que Patric, o dono da camisa 2 atleticana está lesionado, deixando o Galo sem jogador para a posição.
O lateral-direito começou a carreira nas categorias de base do Santo André, onde ficou até 2006, ano em que se transferiu para o Democrata-SL. Nas duas temporadas seguintes, teve boa passagem pelo Atlético-GO. No clube goiano, conquistou o título do Campeonato Brasileiro da Série C, em 2008, e o acesso para a Série A, em 2009.
Com a camisa do Galo foram 26 partidas e um único gol marcado. A estreia de Rafael Cruz pelo Galo aconteceu em julho de 2010, um amistoso contra o Bragantino, que terminou com empate em 0 a 0. O jogador foi titular no último jogo do Alvinegro no Campeonato Brasileiro, contra o Bahia, em Salvador, devido à contusão de Patric.