Rafael deve ser anunciado em breve como novo reforço do São Paulo. O Atlético acertou a venda do jogador de 33 anos por cerca de R$ 5 milhões. O goleiro, que chegou ao Galo em 2020 para assumir a titularidade, jogou poucas vezes com a camisa alvinegra. No total, foram seis títulos.

Rafael foi contratado pelo Atlético em março de 2020. Ele havia acabado de deixar o arquirrival Cruzeiro por vias judiciais. No Galo, ele chegou para ser titular. Um dia depois de seu anúncio, no entanto, o clube contratou o técnico Jorge Sampaoli, que queria utilizar um goleiro que trabalhasse melhor com os pés. 

Em 10 de setembro daquele ano, o Atlético anunciou a contratação de Everson. Naquele momento, Rafael somava 15 jogos pelo clube. Então titular, ele havia acabado de ser expulso num duelo contra o Santos, na Vila Belmiro. Chance para o novo contratado, que assumiu a posição e não perdeu mais.

Na temporada 2020, Rafael ainda entrou em campo mais duas vezes - Everson testou positivo para COVID-19.

Em 2021, Rafael viveu um ano frustrante. Em sua quarta partida na temporada, ele sofreu grave lesão no ombro direito e ficou afastado por cerca de cinco meses. Quando voltou, comemorou títulos com o Atlético, mas só jogou uma vez.

Neste ano, o goleiro teve nove oportunidades de entrar em campo. Todas elas por ausência do titular - convocação, suspensão ou por Everson ter sido poupado. 

Mesmo jogando pouco, Rafael teve o contrato renovado pelo Atlético neste ano. O vínculo, que se encerraria no fim da temporada, foi ampliado até o fim de 2025. Essa extensão possibilitou ao Galo receber pela venda do atleta, já que ele poderia assinar um pré-contrato com outro clube em julho.

No total, Rafael fez 31 jogos com a camisa do Atlético e sofreu 21 gols. Em 16 destas partidas, ele saiu de campo sem ser vazado. Foram seis títulos conquistados: três estaduais (2020, 21 e 22), Campeonato Brasileiro (2021), Copa do Brasil (2021) e Supercopa do Brasil (2022).

No Tricolor Paulista, Rafael vai disputar posição com Felipe Alves, Jandrei e Thiago Couto. A saída do jogador representa um alívio nas contas alvinegras, já que ele era o goleiro reserva com maior salário no futebol brasileiro.